当特别舟艇中队在精锐的两栖部队中崭露头角的时候，特勤团的舟艇中队也具有了同样的能力和作战方法。两者的主要区别在于特别空勤团在地面作战中主要担负两栖渗透，而特别舟艇中队虽然也可以很好地担当此任，但是其主要任务是最大限度地停留在水中作战。如果不是这样，那就是进行水下破坏。

　　显然，两个单位的任务性质基本相同。实际上，特别舟艇中队就常驻于赫勒福特，但这并不会发生冲突。舟艇中队士兵常同特别舟艇中队一起进行训练、演习和作战。双方关系融洽（1972年马岛战争中，在伊丽莎白二世货船上，双方曾进行过侦察和进攻任务的合作）。事实上，特别舟艇中队常常被特勤团用来遂行两栖渗透任务。

　　同特别舟艇中队一样，特勤团舟艇中队也必须精于水上突击和生存。训练是严酷的－要花费许多时间在冰冷的海水中进行两栖作战标准作业程序训练和偷袭训练。舟艇中队的士兵同水有着密切的关系，所以个个都是游泳健将和潜水高手。潜水特长包括水下爆破物的运送和安装，单人或双人潜水艇的驾驶。他们还要熟悉、掌握皇家海军核潜艇知识与技能。因为有时会被用来随艇部署到接近敌方海岸线或水下。

　　同特别舟艇中队一样，特别空勤团舟艇中队还要掌握上载和攻击战术。一位商船官员最近向我描述了他的一次亲身经历。当他的船运公司接近特别空勤团时，特勤团的一个小组要求登船通过南中国海。登船申请被批准后，船员们在士兵上船的一侧保持着高度警惕。海面被弧光灯照亮了，船员们都站在船边监视着。过了几小时，船员们通过有线广播接到了返回的通知。回到驾驶舱，他们发现一个特别空勤团小组已经出现在那里，船长却被绑在椅子上。直到今天，这位官员仍不明白他们是如何上船的。

　　这就是舟艇中队士兵要掌握的与现代远洋船舶、军事和民事有关的知识和技能。它不仅包括登船、乘船，而且还包括不同船只的驾驶。特别空勤团有一整套用于两栖作战的船只，小尺寸的有人力筏，如克雷珀独木舟。这种舟为双座，可折迭，5.2米长，1950年首次投入使用。虽说需要稳定的海况操作，但是在敌国海岸、河流实施隐蔽渡航还是很出色的。

　　潜水掠行艇可作为小型潜水艇使用，也可当作水面攻击小艇。士兵们通过简单的充气和放气来实现这两种不同的功能。在水下，掠行艇依靠两台24伏电动机航行，而不用90马力的油料发动机。士兵们使用掠行艇航行是不关门的，他们着潜水装置坐在艇内。掠行艇常常被放置在距目标不远的海底或渗透水域。在这个距离上，士兵们再游几百英尺就可以执行任务了。

　　除了上面所说的两种小艇外，还有许多常规艇。常用的一种为严厉入侵者。这种艇为硬壳，速度快，装备一部140马力引擎，可高速运送4名士兵。在马岛战争中，严厉入侵者常被特别舟艇中队和特勤团舟艇中队用来部署部队，实施侦察任务。

　　两栖作战的特点就是残酷。舟艇中队其中一项关键训练就是海上生存。它包括从海上生存航行到防鲨鱼的所有项目。它是特别空勤团训练科目中最难最苦的部分。许多士兵在这种危险的训练中失踪。因此，舟艇中队特别强调其士兵要自信。